你的名字故事發生的地點是在每千年回歸一次的彗星造訪過一個月之前，日本飛驒市的鄉下小町糸守町。在這里女高中生三葉每天都過著憂郁的生活，而她煩惱的不光有擔任町長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的町，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對于大都市充滿了憧憬。

然而某一天，自己做了一個變成男孩子的夢。這里有著陌生的房間、陌生的朋友。而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面在東京生活的男高中生立花瀧也做了個奇怪的夢，他在一個從未去過的深山小町中，變成了女高中生。兩人就這樣在夢中邂逅了彼此。