1951年10月，中國人民解放軍東北軍區軍醫學校在黑龍江齊齊哈爾市成立。該校就是現在南方醫科大學的前身。

東北軍區軍醫學校

1953年1月，學校更名為中國人民解放軍第十一軍醫中學。這是第1次更名。

中國人民解放軍第十一軍醫中學

1954年5月，學校更名為中國人民解放軍第十一軍醫學校。這是第2次更名。

（中國人民解放軍第十一軍醫學校圖片暫缺）

1956年1月由東北部軍區領導改由總后勤部領導。這是第1次變更歸屬（領導）。

1958年6月學校由總后勤部移交國家衛生部，由黑龍江省人民政府領導。這是第2次變更歸屬（領導）。

1958年7月，中國人民解放軍第十一軍醫學校與第2164醫院合并，改名為齊齊哈爾醫學院，學制5年。這是第3次更名。

齊齊哈爾醫學院

1962年1月，轉歸后勤部領導，這是第3次變更歸屬；學校改名為中國人民解放軍齊齊哈爾醫學院，這是第4次更名。

1966年10月，學校改稱為中國人民解放軍軍醫學院。這是第5次更名。

中國人民解放軍軍醫學院

1969年9月，學校由黑龍江齊齊哈爾市遷至湖南省長沙市。這是第一次遷移校址。國防科技大學的前身中國人民解放軍軍事工程學院在隨后不久1970年也由黑龍江遷至長沙。1970年2月廣州軍區衛生學校并入；學校分批遷入原暨南大學校址。

1975年7月，學校更名為現名：中國人民解放軍第一軍醫大學。這是第6次更名。

中國人民解放軍第一軍醫大學

1978年4月，學校正式遷至廣州市。這是第2次遷移校址。

1979年4月，被列為全國重點高等院校。

2004年8月，學校移交廣東省領導，這是第4次變更歸屬；并更名為南方醫科大學，這是第7次更名。估計這次更名使該校校名基本定型。

南方醫科大學

2016年2月，學校成為“部委省”共建高校，即教育部、國家衛生健康委員會、廣東省共建高校。

由此看來，南方醫科大學的發展經歷了較大變化：一是院校屬性變化大：由軍校轉變為地方院校；二是空間跨度變化大：自北至南，由哈爾濱遷至長沙再遷至廣州；三是校名更名較頻繁：由最初的中國人民解放軍東北軍區軍醫學校到現名南方醫科大學，總共變更了7次校名。